Cabe destacar que fue la segunda vez la historia de la liga que se disputó una temporada con once equipos (la primera vez fue en la temporada 1981-1982), convirtiendo así al Motagua en el único bicampeón en torneos de once equipos. Motagua conquistó la Supercopa 1999 tras vencer el 13 de enero de 1999 por 1 a 0 a su rival Platense.