Para el inicio de la temporada 2013-14 el club fichó a Luis Enrique como nuevo entrenador. Único club hondureño que disputó la Copa de Gigantes de la Concacaf. Hector Zelaya fue el primer jugador hondureño en anotar un gol en una Copa del Mundo (España 82) y lo hizo cuando formaba parte de Motagua. Amado Guevara (considerado por Conmebol como el mejor jugador del continente americano en 2001) surgió de las divisiones menores de Motagua, ajax fc tuvo cuatro etapas en el club y acumuló un total de 279 partidos disputados.