Se recuerda este torneo por haber sufrido una tremenda goleada de 8 a 0 a manos de los Pumas de la UNAM. En el torneo de Clausura 2008, con tan sólo dos fechas transcurridas y debido a los malos resultados, el entrenador argentino Mohamed fue destituido, siendo sustituido por Miguel Herrera, que nada pudo hacer por evitar el descenso. La tercera indumentaria recupera el amarillo con una fina línea negra, un color habitual en las últimas temporadas y que apela a los orígenes del club.